
Fue organizada el 28 de abril de 1990 por un grupo de ciudadanos sanmarqueños interesados en participar, de forma creativa e innovadora, en la búsqueda de alternativas de solución a la problemática ambiental del municipio.
En el año de 1993, obtiene su personalidad jurídica; aspecto que le permitió iniciar la ejecución de proyectos sobre rehabilitación de cuencas hidrográficas en comunidades del municipio de San Marcos Ocotepeque, en estrecha coordinación con el ya desaparecido Plan de Desarrollo para Refugiados, Desplazados y Repatriados en Centroamérica (PRODERE) de las Naciones Unidas, Centro Agronómico Tropical de Investigación y Enseñanza (CATIE), Municipalidad de San Marcos Ocotepeque, Corporación Hondureña de Desarrollo Forestal (COHDEFOR), Cuerpo de Paz-Honduras, entre otras.
Desde su fundación, esta organización no gubernamental también viene trabajando por la protección de varias áreas silvestres localizadas en la región occidental del país; entre ellas: Reserva Biológica Güisayote, Reserva Biológica El Pital, Reserva Biológica Volcán Pacayita, Parque Nacional Montaña de Celaque y Refugio de Vida Silvestre Erapuca.
A nivel de educación ambiental, durante su vida institucional AESMO ha acumulado una valiosa experiencia de trabajo con niños escolares, maestros, estudiantes, productores agropecuarios, mujeres, y municipalidades – mancomunidades de su área de influencia en aspectos de seguridad alimentaria y nutricional, saneamiento básico, diversificación productiva, ordenamiento territorial, fortalecimiento técnico de las Unidades Municipales Ambientales (UMA) y fortalecimiento organizativo de grupos de productores agropecuarios; todo ello en un contexto de manejo sostenible de microcuencas hidrográficas localizadas en las cuencas de los ríos Ulúa y Lempa; esta última compartida por Honduras, El Salvador y Guatemala.
1. Manejo sostenible de microcuencas y áreas protegidas
2. Seguridad Alimentaria